混跡市井街頭的小燕子，和多才多藝的紫薇，偶然在京城相識相惜，然而命運弄人，假格格小燕子迷糊的進了皇宮成為「還珠格格」，真格格紫薇心碎的進入學士府，兩人陰錯陽差交換了身分。

進宮後的小燕子，發現和自己在街頭打過一架的「洋鬼子」，竟是宮廷畫師班傑明，小燕子擔心班傑明暴露她的真實身分，於是和班傑明在宮廷里發生許多「貓捉老鼠」的趣事，班傑明也在這些「奇妙的交手」中，深深被小燕子獨特的魅力所吸引。

和班傑明情同手足的五阿哥永琪，起先因射傷小燕子而深深內疚，接著發現小燕子是「假格格」而膽戰心驚，然後，又被小燕子各种特立獨行的行徑和「意外」，弄得應接不暇。看到她坦率純真，敢說敢做，不斷挑戰皇宮陋規，不禁為她大大傾倒。於是，永琪和班傑明之間，展開了一場微妙的「君子之爭」。

爾康知道紫薇的真實身份，但見紫薇有家歸不得，有父不能相認，不禁對紫薇心生愛憐，進而相知相許。從此，紫薇的世界，被深情的爾康填滿。爾康帶領紫薇走入兩人專屬的秘密基地，并在花海、草原、翠湖、幽幽谷……等山山水水中，見證了兩人的山盟海誓。

小燕子從街頭賣藝的女子，變成皇宮里的格格，生活起居，食衣住行，全部無法適應，鬧了一個又一個的笑話。同時，口無遮攔，和皇后結下了深仇大恨。但她不以為意，陷入危險也不自知。永琪和班傑明經常為解救她而弄得手忙腳亂，一中一西的哥兒們，成了她奇異的「左右護法」。爾康的弟弟爾泰是永琪的伴讀，當然也成為小燕子的保護者。

爾康為了能與紫薇創建未來，忍痛將紫薇和她的丫頭金瑣，送進皇宮和小燕子作伴。小燕子與紫薇重逢後，在皇宮如虎添翼，兩人在宮里連手制造許多的震撼，也經歷許多的「驚濤駭浪」和「水深火熱」。紫薇的領導能力和智慧，在此時完全發揮出來，常常完成一些「不可能的任務」。雖然完成時，都伴著淚水和傷痕。在漱芳齋中，陪伴著兩人一起哭一起笑的，還有被小燕子視為一家人的宮女太監—-漱芳齋忠心耿耿的「四寶」及「二美」。當然還有和紫薇情同手足的金瑣！

宮外，和小燕子一起長大的柳青柳紅，在幾番周折後，也知道真假格格的秘密。班傑明、爾康常為紫薇和小燕子當信差，和柳青柳紅成為朋友。當乾隆越來越喜歡小燕子之后，還破例讓爾康把柳青柳紅帶進宮，給小燕子和紫薇帶來大大的驚喜。這往日的伙伴，和漱芳齋的眾人，也在宮內創造了一個讓整個宮廷震動的大驚喜，報答了乾隆，征服了晴兒，感動了太后。卻氣壞了皇后！

永琪的生母愉妃，是個善良敦厚，低調而認命的女人，她所有的希望，都寄托在永琪身上，當小燕子闖進永琪的生命，也等于闖進了愉妃的生命。小燕子雖把永琪當哥兒們，心無城府，卻很想讓愉妃喜歡自己，她的努力，在「小燕子式的意外中」，一次次的「弄巧成拙」。對于有佛心的太后，也是如此。唯獨太后身邊的晴格格，卻深深欣賞著漱芳齋里兩位「奇女子」。

小燕子從班杰明那兒，學習到「Surprise」一字的意義。從此迷上這個游戲，常常制造「驚喜」給大家。但是，她的「驚喜」有時會變成「驚嚇」。這种驚喜和驚嚇，是漱芳齋輪番上演的美夢和惡夢。爾康、永琪、班傑明、爾泰四人，也在這些美夢和惡夢中，扮演著護花使者，經常弄得個個筋疲力盡，遍体鱗傷。卻也在這些「震撼」中，領略到人間最深刻的喜悅。

于是，小燕子、紫薇和一群宮中的年輕人，他們在笑容與淚水的交織中，在威權與自由的矛盾中，在真情和至性的本能下，創造出一個又一個的奇跡。各種稀奇古怪，不可思議的故事，紛至沓來……組成了這部「燕兒翩翩飛」的傳奇。

第二部
　 《还珠格格之风儿阵阵吹》
　　为摸清紫薇的身份，太后特派晴儿与乾隆一行人微服出巡。行程中，晴儿意外邂逅了箫剑。永琪和小燕子几经波折最终收获爱情。蒙古公主塞娅相中了尔康，为了紫薇幸福，小燕子说出了紫薇的真实身世，乾隆大怒，小燕子与紫薇、金琐入狱，尔康等人在箫剑的暗助下劫囚，但因不舍班杰明和尔泰扛罪，选择回来面对乾隆。乾隆冷静思量之后原谅了小燕子并认了紫薇。塞娅此时和尔泰两情相悦，顺利完婚。紫薇、小燕子等人帮助皇上的爱妃——香妃逃出了皇宫，乾隆大怒欲将紫薇和小燕子斩首，劫囚大行动再次展开，班杰明、永琪、尔康、箫剑、柳青、柳红众人一起开始了浪迹天涯的逃亡命运。

第三部
　 《还珠格格之人儿何处归》
　　福尔康、永琪和班杰明的劫囚行动，乾隆发动侍卫围捕小燕子等人。在箫剑的领导下，小燕子等人一起迈入亡命天涯之途。紫薇在逃亡中，头部受创而失明。历经艰险大家终于重逢。尔康在与杀手搏斗时受重伤，紫薇因尔康受伤眼睛奇迹般复明。箫剑带着小燕子永琪班杰明到牧场务工，因与恶霸冲突引来追兵，众人只好继续往南阳逃亡。永琪难忍箫剑对小燕子的用心，迫使箫剑终于和小燕子相认。小燕子等人在南阳开了一家十全十美面馆。乾隆亲自到南阳欲迎接他们回宫，却爆乾隆是小燕子的杀父仇人事端，乾隆特派专人调查理清误会。永琪因受愉妃召唤不得不与乾隆回宫，但小燕子却和箫剑、班杰明回到大理。小燕子苦守与永琪的两年约定，班杰明同样苦守着落单的小燕子，直到永琪和小燕子重逢的那一天，班杰明留下祝福，悄然的离开。